Вам нужно обратиться в суд и определить порядок пользования жилым помещением, раз добровольно не можете договориться. Суд закрепит за каждым собственником конкретные комнаты и определит общие места пользования: коридор, кухня, лоджия и тд. На каждую комнату в личном пользовании - владелец может поставить дверь с замком, в комнату - запрещено проникать иным лицам без согласия, таким образом второй дольщик обезопасит свое пространство от посягательств 3-их лиц, если считает, что ваши родители что-то могут украсть. На места общего пользования - повлиять не может, ваши родители вправе по ним свободно передвигаться и пользоваться, например туалетом, ванной в санузле. Вам не обязательно иметь с родителями договор аренды, если их появление - носит разовый характер, я про условно "в гости пришли". Если они там намеренны именно проживать - договор не пригодится, но пригодится согласие второго собственника - без него не получить регистрацию родителям.