Скинули зп из за ошибки программы больше чем нужно?

1. Правовая оценка ситуации и вероятность возврата переплаты
Ваша правовая позиция верна: отношения между вами и ООО — это гражданско-правовой договор (ГПХ), а не трудовые отношения, поэтому нормы Трудового кодекса не применяются. В случае получения вами суммы сверх обусловленной договором, речь идёт о неосновательном обогащении (ст. 1102 ГК РФ). Если ООО докажет, что перечисление суммы сверх 3 384 руб. было ошибочным (например, технический сбой), суд с высокой вероятностью обяжет вернуть излишне полученное. Для суда не имеет значения, что ошибка техническая, а не счетная.
Вывод: вероятность возврата по решению суда — очень высокая.

2. Налоговые риски для ООО
Если вы вернёте переплату обратно на расчётный счёт ООО с назначением «возврат ошибочного платежа», для ООО не возникнет обязанности начислять НДФЛ или страховые взносы на эту сумму, поскольку возврат ошибочно перечисленных средств не является выплатой дохода (ст. 41, 208 НК РФ). Возврат оформляется бухгалтерской корректировкой и не влияет на налоговую базу. Если же возврат будет оформлен по решению суда, налоговые последствия аналогичны: доначислений и штрафов по ст. 123 НК РФ не будет, если возврат произведён и отражён корректно.
Вывод: для ООО налоговые риски при возврате вами переплаты отсутствуют.

3. Возможность урегулирования спора на ваших условиях
Вы вправе предложить ООО вернуть сумму за вычетом их потенциальных налоговых издержек, однако правовых оснований для такого удержания нет: излишне полученная сумма подлежит возврату полностью (ст. 1107 ГК РФ). Скорее всего, ООО не согласится на частичный возврат и будет настаивать на возврате всей суммы.
Вывод: попытаться договориться можно, но это исключительно на усмотрение ООО; юридических оснований для удержания части суммы у вас нет.

4. Риски для вас при проигрыше в суде
Если суд обяжет вернуть переплату, и вы добровольно исполните решение, дополнительных расходов (исполнительский сбор, блокировка счетов) не будет. Исполнительский сбор (7% от суммы, но не менее 1 000 руб.) взыскивается только при неисполнении решения суда в добровольный срок (ст. 112 ФЗ «Об исполнительном производстве»). Блокировка счетов возможна только при уклонении от исполнения решения.
Адвокат: при такой небольшой сумме (1 551 руб.) экономически нецелесообразно нанимать адвоката. Вы можете самостоятельно представить свои доводы в суде, если дело дойдёт до этого.

Пошаговые действия:
1. Проверьте документы: договор, акты, переписку, подтверждение перевода.
2. Если сумма действительно переплачена по ошибке, целесообразно вернуть её добровольно во избежание судебных издержек.
3. Если есть сомнения в обоснованности требований, запросите у ООО письменное требование с расчётом и обоснованием переплаты.
4. При возврате укажите в назначении платежа «возврат ошибочно перечисленных средств по договору №...».
5. Сохраните подтверждение возврата для своей отчётности (и для налоговой, если потребуется).

Что уточнить:
Если есть основания полагать, что сумма была перечислена не ошибочно, а по иным договорённостям, либо если есть спор о факте оказания услуг на бóльшую сумму, эти обстоятельства могут повлиять на исход дела.

Для точной оценки всех деталей рекомендую проконсультироваться с юристом, ознакомив его с вашими документами.