Как правильно поступить?

В вашей ситуации возможны два основных варианта: увольнение по состоянию здоровья с выплатой соответствующих компенсаций либо оформление досрочной (льготной) пенсии по инвалидности или выслуге лет, если это позволяет ваш стаж и характер службы.

1. Правовая оценка
Военная травма и осложнения, приведшие к длительной нетрудоспособности, дают основания для признания вас негодным к военной службе по состоянию здоровья. Это может повлечь увольнение с военной службы по пункту «б» части 1 статьи 51 Федерального закона № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе». Также возможно оформление пенсии по инвалидности, если медико-социальная экспертиза (МСЭ) признает вас инвалидом вследствие военной травмы.

2. Применимые нормы
- Федеральный закон № 53-ФЗ (ст. 51 — основания увольнения).
- Федеральный закон № 4468-1 «О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу...» (ст. 13, 14 — пенсии по инвалидности, выслуге лет, в связи с военной травмой).
- Федеральный закон № 400-ФЗ «О страховых пенсиях» (если речь о гражданских пенсиях).
- Порядок проведения МСЭ (Постановление Правительства РФ № 805).

3. Риски, сроки, нюансы
- Признание негодности требует прохождения военно-врачебной комиссии (ВВК).
- Для пенсии по инвалидности — прохождение МСЭ после ВВК.
- Для льготной пенсии по выслуге лет учитывается только подтверждённый стаж и основания увольнения.
- Если вы находитесь на больничном, увольнение возможно только после его закрытия или по вашему заявлению.
- Размер пенсии и компенсаций зависит от причины увольнения (военная травма — более высокий размер выплат).

4. Пошаговые действия
а) Обратитесь к командованию с заявлением о направлении на ВВК для установления категории годности.
б) Пройдите ВВК, получите заключение о годности/негодности к военной службе.
в) Если признаны негодным — командование оформляет увольнение по состоянию здоровья.
г) С заключением ВВК обратитесь в бюро МСЭ для установления инвалидности (если есть основания).
д) После увольнения — подайте документы на оформление пенсии по инвалидности или выслуге лет в военкомат или территориальный орган ПФР (в зависимости от статуса).
е) Соберите и приложите все медицинские документы, подтверждающие связь заболевания с военной травмой.

5. Что уточнить
Для точного выбора варианта нужно знать:
- Ваш общий военный стаж и основания для льготной пенсии.
- Категорию годности по заключению ВВК.
- Признана ли связь заболевания с военной травмой официально.
- Установлена ли инвалидность (и какая группа).

Сценарии
- Если ВВК признает полную негодность — увольнение по состоянию здоровья, оформление пенсии по инвалидности (при признании МСЭ).
- Если стаж достаточен — возможно оформление льготной пенсии по выслуге лет.
- Если состояние позволяет — можно продолжить службу, но это маловероятно при описанных обстоятельствах.

Для точного расчёта выплат и выбора оптимального варианта рекомендую обратиться к юристу, специализирующемуся на военном и пенсионном праве.