Что нужно сделать, что бы не сидеть?

Суть ситуации и правовая оценка
Вам вменяют два эпизода по ст. 337.5 УК РФ (самовольное оставление части на срок свыше одного месяца, совершённое в условиях мобилизации или военного положения) и ст. 338.3 УК РФ (дезертирство с оружием или группой лиц, также в условиях мобилизации/боевых действий), однако по последней статье, как вы пишете, доказательств нет. Дело находится в прокуратуре, приговора ещё не вынесено. Вы хотите продолжить военную службу и не попасть под реальное лишение свободы.

Какие нормы права применимы
Ваша ситуация регулируется Уголовным кодексом РФ — ст. 337 и 338, а также Уголовно-процессуальным кодексом РФ (ст. 91, 108, 109 — меры пресечения, ст. 76.2 — освобождение от уголовной ответственности в связи с деятельным раскаянием и др.). Решение о возможности дальнейшего прохождения службы зависит от хода уголовного дела и позиции командования.

Риски, сроки, ответственность и нюансы
- По ст. 337.5 УК РФ в условиях мобилизации наказание — от 5 до 10 лет лишения свободы, по ст. 338.3 — от 8 до 15 лет.
- Если вина по 338.3 не будет доказана, по этой статье вас не осудят, но окончательное решение — за судом.
- Пока нет обвинительного приговора, вы считаетесь невиновным (ст. 14 УПК РФ). Однако на время расследования и суда командование вправе отстранить вас от исполнения обязанностей или перевести на другие должности.
- Если дело уже в прокуратуре, значит, следствие завершено, и дело скоро может поступить в суд.
- Основания для освобождения от уголовной ответственности (например, деятельное раскаяние, помощь следствию, примирение с потерпевшими) в вашей ситуации применяются крайне редко, особенно в условиях мобилизации.

Пошаговые действия
1. Максимально сотрудничайте со следствием и прокуратурой, предоставляйте доказательства своей невиновности по ст. 338.3.
2. Если есть возможность, ходатайствуйте о прекращении уголовного преследования по недоказанности (ст. 27, 254 УПК РФ).
3. Подготовьте документы и характеристики, подтверждающие вашу положительную службу, награды, поощрения, ходатайства от командования — это может повлиять на меру наказания.
4. Обратитесь к адвокату, специализирующемуся на военных делах, для защиты в суде.
5. Если будет избрана мера пресечения в виде заключения под стражу — обжалуйте её (ст. 108 УПК РФ).
6. Продолжать службу до приговора вы вправе, если не отстранены командованием или судом. После обвинительного приговора (даже условного) продолжение службы, как правило, невозможно.

Что нужно уточнить
Для точной оценки нужно знать: точные обстоятельства эпизодов, наличие или отсутствие смягчающих обстоятельств, позицию командования, меру пресечения, статус по службе, а также, есть ли у вас адвокат.

Для точной оценки перспектив и защиты ваших интересов рекомендую обратиться к юристу, специализирующемуся на военном праве.