Здравствуйте! Дело в том, что выделить, как Вы говорите, долю может только собственник имущества. Право собственности на квартиру подлежит обязательной государственной регистрации. В вашем случае основанием для регистрации права собственности вашего супруга на долю в квартире будет являться полученное им свидетельство о праве на наследство (п. 1 ст. 131 ГК РФ; ч. 2 ст. 14 Закона от 13.07.2015 N 218-ФЗ). Таким образом, вы не сможете выделить сыну долю, пока не будет зарегистрировано право собственности его отца. Кроме того, применять эту схему не рекомендую, так как жилье, купленное с использованием средств материнского капитала, нужно обязательно сделать долевой собственностью всех членов семьи - мужа, жены и детей. Зарегистрировать доли нужно в Росреестре в течение полугода после сделки или после выплаты ипотеки (если квартиру покупали в кредит). Если этого не сделать, то в случае выявления нарушения вас могут обязать вернуть деньги в Пенсионный фонд. С уважением!